Gebaut wurde die Stupa vermutlich zwischen 750 und 850 während der Herrschaft der Sailendra-Dynastie. Als sich das Machtzentrum Javas im 10. und 11. Jahrhundert nach Osten verlagerte (vielleicht auch in Verbindung mit dem Ausbruch des Merapi 1006), geriet die Anlage in Vergessenheit und wurde von vulkanischer Asche und der Vegetation begraben. 1814 wurde sie wiederentdeckt, aber erst im Jahr 1835 brachten Europäer sie wieder ans Tageslicht. Ein Restaurierungsprogramm in der Zeit zwischen 1973 und 1984 brachte große Teile der Anlage wieder zu früherem Glanz.

Insgesamt neun Stockwerke türmen sich auf der quadratischen Basis von 123 m Länge. An den Wänden der vier sich stufenartig verjüngenden Galerien befinden sich Flachreliefs in der Gesamtlänge von über fünf Kilometern, welche das Leben und Wirken Buddhas beschreiben. Darüber liegen drei sich konzentrisch verjüngende Terrassen mit insgesamt 72 Stupas, welche die Hauptstupa von fast 11 m Durchmesser umrahmen.

Der Borobudur wurde auf einem kleinen Hügel in dem Kedu-Becken gebaut, einem reichen fruchtbaren Tal, welches von Bergen umgeben ist. Im Süden und Südwesten von den Menoreh-Bergen, im Norden und Nordosten von den Vulkanen Merapi und Merbabu und im Nordwesten von den Vulkanen Sumbing und Sindoro. Der Tempel liegt ebenso an dem Zusammenfluss zweier Flüsse, dem Elo und dem Progo. Diese Flüsse stehen im Glauben, Symbole für die beiden Flüsse Ganges und Yamuna zu repräsentieren, welche das Indus-Tal in Indien versorgen.

Der Borobudur wurde auf einem Hügel erbaut und hat die Form einer Stufenpyramide. Im Unterschied zu vielen anderen Heiligtümern hat der Borobudur weder einen klar gekennzeichneten Eingang noch einen Raum, um Besucher zu empfangen. Er hat eine massive Struktur (Bauweise?). Wenn die Menschen ihre religiösen Aufgaben erfüllen wollten, so geschah dies in der freien Luft auf dem Umgang des Monuments. Auf vier Seiten führen Fluchten von Stufen und Aufgängen zur Spitze der Stufenpyramide.

Von außen gesehen erinnert der Borobudur an einen gemauerten Hügel. Seine Struktur besteht aus einer Stufenpyramide aus sechs rechteckigen Ebenen, drei kreisförmigen Terrassen und einer zentralen, die Spitze bildenden Stupa. Der Borobudur ist voller buddhistischer Symbole und stellt die Nachbildung des Universums dar.

Gemäß der buddhistischen Kosmologie ist das Universum in drei Welten unterteilt: Ārūpyadhātu (Sanskrit; Pāli: Arūpaloka; Tib.: gzugs.med.pa'i khams), Rūpadhātu (Pāli: Rūpaloka; Tib: gzugs.kyi khams) und Kāmadhātu (Pāli: Kāmaloka; Tib: 'dod.pa'i khams). Kamadhatu, die „unterste“ Welt, ist die Welt der Menschen, die „Sinnenwelt“. Rupadhatu ist die Übergangswelt, in der die Menschen von ihrer körperlichen Form und weltlichen Angelegenheiten erlöst werden, die „Feinkörperliche Welt“. Arupyadhatu schließlich, die Welt der Götter, ist die Welt der Perfektion und der Erleuchtung, die „Unkörperliche Welt“.

Die Architektur des Borobudur wurde in Übereinstimmung mit dieser Kosmologie gestaltet. Jeder Teil des Monuments ist einer anderen Welt gewidmet. Das Kamadhatu ist eine große rechteckige Wand außen am Fuß des Monuments. Über dieser Basis erhebt sich das Rupadhatu, das aus vier rechteckigen Terrassen mit Prozessionswegen besteht, die mit zahlreichen Statuen und 1300 szenischen und 1200 figurativen Reliefs dekoriert sind. Darüber erhebt sich das Arupadhatu, bestehend aus drei kreisförmigen Terrassen, in deren Zentrum sich eine große glockenförmige Kuppel erhebt. Gleich aus welcher Perspektive man das Bauwerk betrachtet - es ist immer schwierig, diese dreigliedrige Grundstruktur zu erkennen.

Das rechteckige Fundament ist verborgen, darauf erscheint die Stufenpyramide mit einer Kantenlänge von ca. 110 Meter. Der Tempel erinnert an einen massiven, runden Dom (Halle?) mit der sich emporstreckenden Stupa auf der Spitze. Das Monument erscheint wie eine ungeordnete Ansammlung aus endlosen Terrassen, Statuen und Nischen. Die Architektur des Tempels besticht dennoch durch unglaubliche Präzision und zeugt von immenser menschlicher Arbeit. 55.000 Kubikmeter Steine aus Andesit oder mehr als zwei Millionen Steinblöcke wurden vom Fluss Progo zur Baustätte geschafft. Die Felsen wurden zunächst am Fluss grob behauen, bevor sie von Elefanten und Pferden zum Monument gezogen wurden.

Die Reliefs auf der Basisebene, dem Kamadhatu, wurden mit einer Extrawand abgedeckt, bevor sie komplett fertiggestellt wurden. Es gibt zwei Theorien für diese zusätzliche Wand:

1. Die gesamte Struktur begann zu rutschen und brauchte eine Stütze.

2. Möglicherweise wurden die dargestellten Szenen später als zu freizügig empfunden.

Für Theorie 1 sprechen zwei Argumente: die imponierende Dicke der verbreiterten Basis (zum bloßen Abdecken der Reliefs wäre keine fünf Meter starke Lage an Steinen nötig geworden) und die Tatsache, dass als Spätfolge der Restaurierung von 1911 ebenfalls die Stabilität der ganzen Anlage gefährdet war.

Während der japanischen Besatzungszeit wurden Teile der Wand entfernt, welche Reliefs aus dem/der(?) Karmawibangga enthielten, einer alten tibetischen Abhandlung über gute und schlechte Taten und ihre Konsequenzen. Diese Teile der Reliefs befinden sich an der südöstlichen Seite. Bei der großen Restaurierung 1973-1983 wurden alle Reliefs vorübergehend freigelegt und dokumentiert. Fotos der Reliefs sind im Archäologischen Museum des Komplexes ausgestellt.

Das Rupadhatu beginnt mit der ersten Terrasse. Wenn wir uns nach links den Korridor herunterwenden, sehen wir auf den 120 Hauptreliefs das Leben des Buddha dargestellt, wie es in der Lalitavistara, einer Schrift aus dem Sanskrit, überliefert ist. Auf der selben Galerie beginnt ein weiterer Zyklus, der auf der zweiten und dritten Galerie fortgesetzt wird und in 720 Reliefs die Erzählungen der 500 früheren Existenzen Buddhas illustriert. Die Reliefs der zweiten bis vierten Galerie zeigen dazu parallel die Suche Sudhanas nach Weisheit und Erleuchtung (Gandhavyuha).

Wenn wir das Monument emporsteigen, die Geschichten lesend und die Terrassen erklimmend, werden wir sechs Tore passieren. Vor der endgültigen, obersten Ebene, dem Arupadhatu, müssen wir durch Doppeltore zwischen der dritten und der vierten Terrassenebene gehen. Diese werden die doppelten Tore von Nirwikala genannt. Nachdem wir diese Tore passiert haben, verlässt unser Körper die materielle Gestalt, die des Rupadhatu, und geht in den körperlosen Geist über, das Arupadhatu. Das Nirwikala ist das letzte Tor, das zu der höchsten endgültigen Stufe des Buddhismus führt. Das besterhaltene Tor wurde an der Seite des Bauwerks gefunden. Sobald wir das Arupadhatu betreten, haben wir ein befreites und offenes Gefühl, anders als in den eingegrenzten, rechteckig verlaufenden Korridoren der Terrassen weiter unten. Vor uns liegen nun drei kreisförmige Terrassen.

Auf den Terrassen sind 72 mit Gittersteinen aufgebaute Stupas geometrisch angeordnet (kleine stupenförmige Bauten), die jeweils Statuen des Buddha Vajrasatwa beinhalten. Die Philosophie, die hinter diesen eingesperrten Buddhas steht, ist komplex und noch nicht vollständig erforscht. Vielleicht stellen die gitterförmigen Strukturen eine siebförmige Grenze dar, die die Welt der Gegenständlichkeit von der Welt der Gegenstandslosigkeit abgrenzt. Zu beachten ist, dass die Löcher auf den ersten beiden Terrassen rautenförmig sind, die der obersten Terrasse aber quadratisch.

Im Rupadhatu befinden sich die Buddhastatuen in den Nischen der Balustraden auf den vier Terrassen. Auf der ersten Terrasse gibt es 104 Nischen, auf der zweiten ebenfalls 104, auf der dritten Terrasse 88, auf der vierten 72 und auf der fünften 64, so dass es sich ursprünglich um insgesamt 432 Statuen gehandelt hat.

Auf den drei oberen, kreisförmigen Terrassen, dem Arupadhatu, befinden sich Dhyani-Buddhas oder meditierende Buddhas in insgesamt 72 mit Gittersteinen aufgebauten, scheinbar perforierten Stupas, die in drei konzentrischen Kreisen auf je einer runden Terrasse angeordnet sind. Auf der ersten runden Terrasse befinden sich 32 Stupas, auf der zweiten 24 und auf der dritten 16 Statuen.

Es waren also ursprünglich auf dem gesmten Komplex insgesamt 504 Buddhastatuen vorhanden, davon sind heute etwa 300 verstümmelt − meist fehlt ihnen der Kopf − und 43 fehlen vollständig.

Auf den ersten Blick scheinen alle Buddha-Statuen gleich auszusehen, aber bei näherem Hinsehen unterscheiden sich die Statuen hauptsächlich durch die Haltung ihrer Hände (Mudra) voneinander. Die Statuen in den Nischen auf den ersten vier Balustraden zeigen verschiedene Mudras, auf jeder Seite des Monuments befinden sich Statuen mit der gleichen Handhaltung. Alle Statuen auf der fünften Balustrade jedoch haben alle die gleiche Handhaltung, ebenso wie die 72 Statuen auf den kreisförmigen Terrassen.

Es gibt also am Borobudur Buddha-Statuen mit insgesamt fünf verschiedenen Mudras, entsprechend dem Mahayana-Konzept der fünf Dhyani-Buddhas. Auch die fünf Himmelsrichtungen des Kompass (Ost, Nord, West, Süd und Zenit) finden hier ihre Entsprechung, dabei wird jede Himmelsrichtung von einem Buddha beschützt: Vairocana im Zenit, Akshobhya im Osten, Amoghasiddhi im Norden, Amitabha im Westen und Ratnasambhava im Süden. Jedem Buddha ist eine Mudra zugeordnet:

• „Bhūmisparśa Mudrā“ des Buddha Akshobhya (Aksobhya) im östlichen Quadranten: seine linke Hand liegt mit der Handfläche nach oben im Schoß, mit seiner nach unten gewandten rechten Handfläche ruft er den Geist der Erde an, um seinen Sieg über die schlechten Geister sowie seine innere Stärke zu bezeugen.
• „Abhaya Mudrā“ des Buddha Amoghasiddhi im nördlichen Quadranten: seine rechte emporgehobene Hand zeigt mit der Handfläche nach außen die Geste der Furchtlosigkeit.
• „Dhyāna Mudrā“ des Buddha Amitabha im westlichen Quadranten: beide Hände liegen aufeinander, Handflächen nach oben im Schoß und zeigen so die Geste der Meditation.
• „Varada Mudrā“ des Buddha Ratnasambhava im südlichen Quadranten: seine rechte Hand ruht auf dem rechten Knie, die offene Handfläche nach oben, und zeigt so die Geste der Wunschgewährung.
• „Vitarka Mudrā“ des Buddha Vairocana auf der fünften Terrasse: die Geste der kreisförmig gebogenen Finger der rechten Hand zeigt, dass er Belehrungen mit einem ehrlichen und reinen Herzen vergibt (Geste der Unterweisung).

Am früheren Pilgerweg nach Borobudur stehen zwei weitere, kleine buddhistische Tempel: Der Tempel von Mendut (ca. 4 km vor Borobudur) und der Tempel von Pawon (ca. 2 km vor Borobudur). Der Tempel von Mendut, ebenfalls 1904 restauriert, stammt vermutlich aus dem 8. Jahrhundert und bewahrt im Innern eine ungewöhnliche Buddhastatue, die Buddha in sitzender Haltung (auf einem Stuhl) zeigt, flankiert von zwei ebenfalls sitzenden Bodhisattvas. Es ist die kunsthistorisch bedeutendste Buddhafigur Javas.