Das langgestreckte dreieckige Stadtgebiet von 30 Hektar Fläche war von einer rund 2200 Meter langen Umfassungsmauer geschützt. Diese war ursprünglich 8-9 Meter hoch, etwa 2,5 Meter stark und bestand im unteren Bereich aus rechteckigen, in Lagen geschichteten Kalksteinquadern. Es gab sechs als Eingangskorridore ausgebildete Tore, über deren Tonnengewölbe Wachtürme errichtet waren. Von der vier Hektar großen Agora im Zentrum der Stadt sind noch Reste von angrenzenden Säulenhallen (Stoa) erhalten. Das Theater aus der Mitte des 3. Jahrhunderts v. Chr. mit einem Durchmesser von 80 Meter bot Platz für 7500 Zuschauer. Die Einwohnerzahl von Byllis wird auf zu der Zeit 7000 geschätzt, es war folglich auch für die umliegenden Dörfer gedacht. Zur Trinkwasserversorgung diente eine 50 Meter lange Zisterne mit Tonnengewölbe.

Die Reste von fünf Basiliken sind bislang freigelegt worden. Die größte Basilika wurde Anfang des 5. Jahrhunderts gebaut, der Zentralraum (Naos) bestand aus drei durch Säulen getrennten Schiffen, vorgelagert waren Narthex und Portikus. Angebaut war ein kleines Baptisterium. Als Bischofskirche erfuhr die Anlage Ende des 5. und im 6. Jahrhundert zahlreiche Erweiterungen. Vorzüglich erhaltene Mosaikfußböden wurden hier freigelegt (diese sind derzeit mit Sand abgedeckt). Im 6. Jahrhundert wurde unter Kaiser Justinian die Stadt auf ein Drittel ihrer Fläche verkleinert und durch eine längs durch das ursprüngliche Stadtgebiet verlaufende Mauer abgeteilt. Zu deren Bau wurden auch Quadersteine und Sitzstufen des antiken Theaters verwendet.

Das allgemeine Interesse hat sich aufgrund ihrer historischen Bedeutung bis heute mehr auf die Stadt Apollonia gerichtet. Byllis verdient angesichts des weit ausgedehnten, nur zum Teil ausgegrabenen Ruinenfeldes als größte südillyrische Stadtgründung ähnlich Beachtung. Die Ausgrabungen erfolgten behutsam, bisher ohne Restaurierung mit fremden Materialien.