Als Krönungskirche der byzantinischen Kaiser (seit 641) und Ort wichtiger historischer Geschehnisse ist die Hagia Sophia in besonderer Weise mit der Geschichte des Byzantinischen Reiches verbunden. Ihr Bau war von hoher Bedeutung für die frühe orthodoxe Christenheit und das Byzantinische Reich. Sie gilt vielen orthodoxen Christen noch heute als spezielles Heiligtum. Nach der osmanischen Eroberung wurde die Hagia Sophia Hauptmoschee der Osmanen. Gleich gegenüber dem Sultanspalast, dem Topkap%u0131 Saray%u0131 gelegen, diente sie den osmanischen Eroberern als Vorbild der imperialen Moscheen in Istanbul und Edirne.

Die Hagia Sophia ist das letzte bedeutende Bauwerk der römischen Spätantike und zugleich das erste Beispiel einer spezifisch byzantinischen Architektur, in der die Kuppel zum prägenden Element des Kirchenbaus wurde.