Die Haupthöhlen sind Waitomo Cave, Ruakuri Cave und Aranui Cave.

Die Waitomo Cave ist berühmt für ihre sog. glowworms (Arachnocampa luminosa, nicht zu verwechseln mit den deutschen Glühwürmchen). Dabei handelt es sich um durchsichtige wurmförmige Pilzmückenlarven, die an den Decken hängen. Diese lassen lange klebrige Fäden herunterhängen. Durch das bläuliche Licht werden Insekten angelockt, die sich in Fäden verfangen. Die Larve holt den Faden mit der Beute anschließend ein. Das bläuliche Licht wird aus Luziferin mit Hilfe des Enzym Luziferase erzeugt.

Die Kalkstein-Höhlen sind eine beliebte Schauhöhle, die mittels Booten befahren wird.